Матрасы на одном уровне по высоте? (на Вашей иллстрации просто разноуровневые кровати) Если да, то можно заморочиться на общий чехол. Если навыки и шв.машинка позволяют, то на «настоящий» чехол, как на складных диванах — сверху единая поверхность, снизу два объемных «кармана»(1). Если технических возможностей или желания нет, то делается общий наматрасник, но с заходом на нижнюю плоскость 25-30см, не меньше. Ленивый вариант — кулиска и шнурок (резинка) (2), более навороченный — пуговички на нижней стороне чехла (3)
 

 
Там внутри свинцовая (?) проволока, которую можно гнуть как хочешь на себе и потом прямо с нее перересовывать на выкройку свои изгибы.